本院目前設有獸醫學系一個教學研究單位與動物醫院及雲嘉南動物疾病診斷中心二個附屬單位。
本院以培育專業獸醫師與獸醫相關科技之教學、研究與服務人才為目標，著重伴侶動物、經濟動物之醫療能力訓練，同時加強獸醫公共衛生與動物重要疾病流行病學及疾病控制模式之研究，透過案例教學方式，結合學理與實務。此外，並持續強化附屬單位之功能，以因應產業之需求為首要任務。