「微生物免疫與生物藥學系」係整併原「微生物與免疫學系」與「生物醫藥科學研究所」而成立系所，因此本系主要是從「微生物、免疫及生藥」三個方面來維護「人類與動物的健康方面」。各領域的主要研究方向分別是在微生物方面：微生物的致病機轉及防治與微生物在醫藥上的應用及生質能源開發；免疫方面：免疫藥理、免疫細胞在醫學上之應用及老人與營養；生藥方面：藥物開發及有效成分在心血管的保護、癌症的預防及治療和抗氧化功能與氧化相關疾病的預防。因此課程規劃從大一及大二的核心課程，大二至大四的專業必修及選修課程，目的是培育學生至少具備一種以上的專業。本系強化大學部學生修習專題討論、專題研究，訓練同學的科學寫作與報告的能力。期望學生畢業後能從事在保健生技及生物醫藥相關產業方面的工作或能具有研究能力進入研究所繼續深造。