課程兼顧基礎理論與應用科技傳授與銜接性，必修課程注重生物與化學雙主軸基礎理論，生物主軸依序為『生物學、生物化學、生理學、細胞生物學、分子生物學』；化學主軸依序為『普通化學、有機化學、生物有機、分析化學、生物化學、分子生物學』。期『以生物為研究系統』，同時『以化學為實驗工具』，循序了解『動物、植物、微生物』各物種的生理、生化及分子作用原理，厚植生化科技領域所需之理論基礎。
配合生物化學、生物技術、生物醫學、組織工程等領域之研究發展，基礎理論課程如：遺傳與演化、植物生理學、生物統計、酵素學、生物發育與幹細胞、藥理學、蛋白質體學、基因體學等；應用科技課程包括應用微生物、細胞培養技術、植物組織培養技術、生物技術概論、蛋白質純化與分析技術、生物材料認識與應用、分子作物育種學、藥用植物開發與應用、生技產業趨勢、發酵量產技術、PCR原理與應用、生質能源開發與應用、組織工程技術及實驗、專利申請實務等。
另大一開設科技發展概論，大二開設論文閱讀與分析方法之必修課程，引導其對研究工作的興趣，並可在大三及大四兩年繼續修習專題研究，另在大四設立書報討論之必修課程，訓練學生在資訊整合與口語表達的適切能力。