「微生物免疫與生物藥學系」係整併原「微生物與免疫學系」與「生物醫藥科學研究所」而成立系所，因此本系碩士班主要是從「微生物、免疫及生藥」三個方面來維護「人類與動物的健康方面」。各領域的主要研究方向分別是在微生物方面：微生物的致病機轉及防治與微生物在醫藥上 的應用及生質能源開發；免疫方面：免疫藥理、免疫細胞在醫學上之應用及老人與營養；生藥方面：藥物開發及有效成分在心血管的保護、癌症的預防及治療和抗氧化功能與氧化相關疾病的預防。目的是培育學生至少具備一種以上的專業。
本系著重研究生能擁有分析及推理能力，善用人力與物力、妥善安排時間，能獨立設計實驗及完成研究工作，並具有良好之書寫及語言溝通能力。期望學生畢業後能從事在保健生技及生物醫藥相關產業方面的工作或能具有研究能力進入博士班繼續深造。