本系碩士在職專班以經濟動物及伴侶動物並重，均衡發展，繼續加強獸醫科技人才的培育及落實科技與產業結合，以強化並培育基層科技人才，促進學理與實務結合，並以建教合作方式推動產學合作；此外，鼓勵教師配合政府基層單位擴大推廣教育，以提昇人才培育，達到教學、研究及推廣服務同步升級，進而造福產業界及培育高級研究人員。其教育目標如下：
1.培育高等獸醫病理生物學及診斷病理學研究人才。
2.培育高等獸醫學公共衛生研究人才。
3.培育高等動物醫學及動物福利學研究人才。
4.培育高等臨床醫學研究人才。