本碩士班本於理論與實務並重之原則，強化植物健康診治能力、發展診治創新科技與資材，以培育具農林作物健康診斷、植物害物管理、植物保護科技研發、瞭解國際植物檢疫現況及實務經驗之植物醫學進階人才。
1.強化植物健康診斷及害物檢測鑑定能力。
2.強化植物健康管理知識，融合土壤肥力及植物營養診斷技術。
3.結合傳統植物醫學及創新資材與技術，並融入植物醫學實務。
4.瞭解植物防疫檢疫規定，合理使用植物保護資材，建構作物安全生產體系。
5.強化植物醫學國際交流與互動。