本系以植物分類與生態、育林、森林經營三個方向為研究發展重點。強調以森林生態系經營為指導原則之永續法則，強化對生物多樣性保育、森林環境效益及森林資源經營等理論與實務。其教育目標分述如下：
1.培育育林技術及維護森林資源之高級人才
2.增進學生生物多樣性認知與推動資源保育工作之能力
3.培養森林經營管理與規劃之高階人才
4.增進學生林業自然與人文社會科學領域之專業能力