本系以植物分類與生態、育林、森林經營三個方向為研究發展重點。強調以森林生態系經營為指導原則之永續法則，期使學生對生物多樣性保育、森林環境效益及森林資源經營等原理與實務，均能融會貫通，發揮所學於實用。其教育目標分述如下：
1.培育育林技術及森林保護之基礎
2.增進學生生物多樣性與資源保育之理論認知
3.培養學生森林經營之專業知識
4.奠定學生林業自然與人文社會科學之基本素養