歷史組
本所研究特色以歷史學專業研究，尤其是明清以後之地方史、文化史及民族史之研究為主。目標在培育歷史研究人才，以及進一步奠定更高等學術研究之基礎。其次，提供歷史教育培育服務，以提昇中小學歷史教師的素質。
地理組
本所研究特色以地理學專業研究，尤以臺灣區域地理之研究為主。目標在培育地理研究人才，以及進一步奠定更高等學術研究之基礎。其次，提供地理教育培育服務，以提昇中小學地理教師的素質。