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農學院現有九個系(所)、2個學位學程,即農藝學系(所)、園藝學系(所)、森林暨自然資源學系(所)、木質材料與設計學系(所)、動物科學系(所)、獸醫學系(所)、臨床獸醫學碩士班、生物農業科技學系(所)、景觀學系、植物醫學系、農業科學博士學位學程及農業科技全英碩士學位學程,另園藝技藝中心、農業推廣中心、動物試驗場與動物醫院、雲嘉南動物疾病診斷中心等五個附屬單位。本院現有專任教師96,其中教授34人,副教授31人,助理教授26人,講師5人、專案助理教授1人;其中具博士學位者93人。