本院以追求現代農業科技、發展精緻農業，以達成促進農業生產、生活、生態永續經營利用之教育目標，並配合國家生物資源產業的發展需要，培育現代農業科技人才，並兼顧理論與實務之教學、研究與推廣服務為發展目標。基此，本院積極建構農業生物技術教學研究設備、建立教師學術研究評鑑及獎勵制度、鼓勵教師到國內外進行學術交流或短期研究、重視產學合作，強化與業界之夥伴關係，開辦校外實習必修課程，加強學生實務操作能力，並獎勵學生出席國內外研討會發表論文；並推動國際農業合作及辦理國際或國內農業有關研討會，提升本院之學術地位、及強化本院具特色領域之教學與研發，如蘭花生技、家具設計與文物修復、動物性別鑑定與動物疾病診斷治療等等。
本院教師在教學之餘，積極從事研究，每年從國科會、農委會、教育部及公私立機關團體等爭取補助或委託研究之經費，對於學術研究水準與教學品質之提升有莫大助益。因此，本院未來發展方向為建立鼎盛的研究風氣、促進理論與應用研究的均衡發展、鼓勵研究成果發表，提昇研究成果之質與量、加強國際間學術交流，擴展師生國際視野，以提高本院在教學與研究上的地位。