一、教學目標：
生物的歧異性(diversity)是地球生物演化的特色及結果，現今地球上的高等植物估計約有六十餘萬種，將此龐大且複雜的族群有系統地分門別類一直是植物科學家的目標，傳統上，一直利用形態特徵（morphological characters）來解析其申的歧異度，進行分類 ; 隨著科學技術之演進，由複式顯微鏡之應用而進展到電子顯微鏡，以至應用生化分析法，這些儀器及技術雖扮演重要的角色，解決了很多分類的問題，不容諱言的是，形態特徵的多變性及不穩定性常常是分類學者最大的困擾 ; 隨著分子生物學技術的進步潮流，研究生物體基因型(genotype)的特徵已經是輕而易舉的工作，因此，最近二十年來利用分生技術以探討生物個體的遺傳歧異度並配合傳統的形態特徵分類使得分類工作更為精準與客觀，這種分子技術表與原來的傳統技術相輔相成已經成為近代植物分類學的新潮流，分子分類學主要是著眼於解析「內在」基因型特徵，而形態之分類學則著重在「外表」的構造差異，分類學者若能「內」「外」兼修，更能提高分類研就之水準。

二、教學方式與成績評量
（一）教學方式：課前指定範圍及引導閱讀，上課講解大綱（Power Poin方式），及課本重要內容說明，課程相關議題及補充資料討論。
（二）成績評量：平時成績30%（含平時測驗、及讀書報告），期中考試30%，期末考試40%。

三、教學內容及進度：
（一）植物分子分類學課程教學內容 1.Introduction of molecular techniques
2.Phenetics and cladistics ：hypothesis generation 3.Data analysis and statistical test 
4.Phenetics and cladistics analysis ， confidence of monoploidy ， data congruence 
5.Systematics based on isozyme data 6.Molecular techniques : RFLP (Restriction Fragmint Length Polymprphism) 7.Molecular techniques : RAPD（Random Amplified Polymorphic DNA）
      and DAF (DNA Amplified Fingerprint)
8.Molecular techniques : AP-PCR （Arbitrary Primer-PCR） 9.Molecular techniques : AFLP (Amplified Fragmint Length Polymprphism) 10.Molecular Evolution 11.Hybridization and Polyploidy 12.Morphological Evolution （二）植物分子分類實習大綱   Molecular techniques are a new approach to resolve individuai genetic differences. By the assistance of molecular data， we can study botanic diversity more efficiently.
1.Materials：Sweet potato -- four to five strains (Cultivar) varied in insect resistance and morphological characters ie..leave shape， tuber flesh color，and starch contents.
2.Methods (Practical works)
＊Genomic DNA isolation and DNA manipulation including restriction by enzyme and resolution on agarose gel.
＊Restriction Fragment Length Polymprphism (RFLP) - DNA probe (sporamin and actin gene)purification， isotope labeling， gel blotting，hybridization and autodiograph.
＊Randomly Amplified Polymorpliic DNA (RAPD) - Polymerase Chain Reaction(PCR) with random primer and gel resolution.
＊Amplified Fragments Length Polymorpliism(AFLP)－DNA digestion， apaptor ligation， specific amplification by PCR， sequencing gel　resolution， autoradiograph.
＊Data Analysis

四、參考書目：
1. Caetano-Anolles， G.，1991， DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers， Biotechuology，9:553-557
2. Crawford ， D . J， 1990， Isozyme number and plant phylogeny PP 153~157PP. In plant molecular systematics ， edited by D. J. Crawford， John Wiley & Sons ， New York.
3. Crawford ， D . J ，1990， Nucleic Acids : Introduction and basic methodology & the nuclear genome of plants : general features and use in systematic studies ， edited by D. J. Crawford ， John Wiley & Sons ， New York.
4. Helent ， J. T. et al， 1985， Restriction Fragment polymorphism as probes for plant diversity and their development as tools for applied plant breeding ， plant Mol. Biol. 5:109-118
5. Karp ， A. ， et al ，1996， Molecular techniques in the assessment of botanicak dicersity. 78:143-149
6. Li ， W. H. and Graur ， D. 1991， Fundamental of molecular evolution.
Sinauer Associates Inc. MC， USA
7. Moclelland ， M.，1995， RNA fingerprinting and differential display using
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8. Mccouch ， S.R. et al.1988， Molecular mapping of rice chromosomes ， Theor ， Apple ， Genet . 76: 815-829
9. Staub ， J.E. and Serguen ， F.C.I 996 ， Genetic Markers ， Map Construction ， and their application in plant breeding. Hortscience 31:729-740.
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11. Williams ， J. G， et al.，1990， DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers， Nucleic AcidsResearch ， 18: 6531 -6535
12. Zabeau， M and Vop ， P. 1993， Eueopean Patent Application No ， Ep 0534858.