◎系所教育目標：
本系定位為發展農業生物科技，培養學生具生命科學和農業基礎知識，深入瞭解分子生物和生物技術的實際操作訓練，使學生成為學識與實務兼備的生物科技人才，著重於生物科技、作物科學、經濟動物、實驗動物和應用微生物的跨領域相關知識之整合，培養生物技術應用於農業之專業人才。 |
| ◎核心能力 | 關聯性 |
| 1.生物學相關專業知能 | 4 關聯性稍強 |
| 2.生物技術相關專業知能 | 4 關聯性稍強 |
| 3.農業科學相關專業知能 | 4 關聯性稍強 |
| 4.具備結合生物技術之理論與基因操作能力等農業科學技術實作能力 | 5 關聯性最強 |
| 5.動植物基因轉殖和細胞組織培養能力等農業科學技術實作能力 | 4 關聯性稍強 |
| 6.跨領域生物技術、農業和生命科學知識、農業生態與環境保育能力 | 3 關聯性中等 |
| 7.在地文化關懷與全球意識 | 3 關聯性中等 |
| 8.人文和自我反思、道德素養能力 | 3 關聯性中等 |
◎本學科內容概述：
生物資訊學主要是將生物相關資料進行資料存儲、提取、組織、分析、解釋和使用資訊的科學。 生物資訊學學科的方法結合了生物科學、計算機科學和數學的專業知識。生物資訊的學課程是為學生設計的，包括 一些基礎技術是從各種網站上得到的，資訊技術可以用來處理不同的分子生物學和遺傳學資料。 參與人類基因組分析和藥物發現靶點的鑑定。 |
◎本學科教學內容大綱：
1.介紹
2.NCBI 資料庫 I Pubmed
3.核?酸，蛋白質，結構
4.NCBI 資料庫 III 化合物
5.生物活性資料庫
6.EMBOSS 基因分析
7.引物設計
8.Blastn 分析、Blastp 分析、Blastx 分析、tBlastn 分析
9.快速檢測
10.蛋白質翻譯後分析
11.海量資料庫海量資料分析
12.SWISS-model 3D-模型構造
13.相似法構建
14.通過gramm網站的蛋白質-蛋白質相互作用
15.KEGG 生化通路
16.使用 UCSF 嵌合體進行分子結構分析的嵌合體分子建模
17.轉錄組的 VENNA 圖
18.基因組圖的 RCircos |
◎本學科學習目標：
生物資訊課程目標如下：
1.能利用NCBI資料庫
2.可利用Blast資料庫進行資料比對
3.使用3D立體生物資料庫 |
| ◎教學進度： |
| 週次 | 主題 | 教學內容 | 教學方法 |
01
09/11 | Introduction | an introduction to Bioinformatics | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
02
09/18 | NCBI database I | Pubmed
Nucleotide
Protein
Structure | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
03
09/25 | NCBI database II | SNP
EST
Genomic | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
04
10/02 | NCBI database III | Compound
Bioactivity datatabase | 操作/實作、講授。 |
05
10/09 | EMBOSS I | genetic analysis
primer design
restriction map
Translation | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
06
10/16 | EMBOSS II | RNA 2nd structure
Protein 2nd structure | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
07
10/23 | BLAST I | Blastn analysis
Blastp analysis | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
08
10/30 | BLAST II | Blastx analysis
tBlastn analysis | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
09
11/06 | 期中考(mid exam) | 期中考 | 期中考。 |
10
11/13 | Expasy I | protein PI/M.W.
translation analysis | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
11
11/20 | Mass Database | mass data analysis | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
12
11/27 | SWISS-model | 3D-model construction | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
13
12/04 | SPDV modeller | 3D-model construction by similarity methods | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
14
12/11 | molecular interaction | protein-protein interaction by gramm web site | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
15
12/18 | chimera basic | basic operation of chimera software | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
16
12/25 | Chimera molecular modeling | using UCSF chimera for molecular structure analysis | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
17
01/01 | molecular docking | a simple method for molecular docking | 作業/習題演練、操作/實作、講授。 |
18
01/08 | 期末考(Final exam) | 期末考(Final exam) | 期末考。 |
◎課程要求：
上課準時，作業隨堂繳交。 |
◎成績考核
期中考30%
期末考30%
作業/習題演練30%
平時表現 10%
|
◎參考書目與學習資源
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ |
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